东京审判的起诉书由国际检察局负责制作完成。1946年4月29日下午4时,首席检察官季南向法庭呈递经所有盟国检察官签署的起诉书原本。法庭命令将起诉书和宪章的副本提交给每一被告。起诉书分为前言,罪状和附件三个部分,起诉的时限从1928年1月1日到1945年9月2日为止,起诉的对象限于个人,并未同纽伦堡审判一样将“犯罪性组织”包括在内。在前言中简要说明了所控告的各名被告以及日本统治集团之犯罪活动的特征和政治意义。在第二部分,也是起诉书的主要部分中提出了五十五项诉因。其中有对全体被告提出,也有对部分被告提出。诉因分为反和平罪,杀人罪,其他普通战争犯罪及违反人道罪三大类。第三部分列出了五个附件,作为说明及充实各项控诉罪状的重要参考资料。但起诉书的庞大篇幅和繁杂编排也成为自身最大的缺陷,以至于最终在判决书中,法庭将原先的五十五项诉因削减为十项。